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【連載-企業參考品】乳腺癌的PCR和NGS參考品的選擇

原載自:www.diyiqukuai.com.cn[技術資料頻道]  2020-04-24  瀏覽次數:2313

科佰生物作為一家提供企業核酸診斷標準品的企業,在該領域已經深耕多年,與全國該領域90%的企業都有過合作,成功支持過很多企業的試劑盒研發和獲批,在該領域有豐富的經驗。根據我們對市場的調研,對客戶需求的理解,我們把我們的產品線劃分為多個模塊,主要為支持PCR的單點mutation、fusion和CNV產品,支持NGS的小panel和大panel(泛腫瘤、包含TMB和MSI)產品,支持IHC和Fish的FFPE block產品,支持標準品定標的dPCR檢測試劑盒產品等。

 

接下來的幾期,我們陸續會針對不用的腫瘤,遵循NCCN指南的標注,為大家分享我們對企業參考品選擇的看法。

 

乳腺癌是影響女性健康的主要的惡性腫瘤之一。根據 Globalcan2012數據,2012年女性乳腺癌新發病例約167.1萬,標化發病率為43.1/10萬,位居女性惡性腫瘤發病*。

 

女性乳腺癌發病和死亡分別位居我國女性惡性腫瘤發病和死亡的第1位和第5位,全國2014年女性乳腺新發病例約27.89萬例,占女性惡性腫瘤發病的16.51%,全國2014年女性乳腺癌死亡病例約6.60萬例,占女性惡性腫瘤死亡的7.82%。

 

 

 

根據NCCN指南描述,乳腺癌主要區分非浸潤性乳腺癌和浸潤性乳腺癌,涉及的分子標記物主要為estrogen receptor (ER),progesterone receptor (PR),Her-2,BRCA1/2,多基因檢測。對應的臨床意義和指導,請點擊下載NCCN指南。

 

 

如下我們開始對每個分子標志物做一些分析。

 

ER、PR、HER-2分子標記物

 

臨床的診療,一般是先看激素受體的狀態,也就是ER和PR的檢測,再看HER2的檢測,結合淋巴結轉移判斷,制訂治療方案。

 

 

ER、PR、HER2的檢測,一般是采用IHC和Fish檢測,其中ER和PR一般定性判斷,選擇IHC,HER的檢測可以定性和定量,具體檢測原則為:

 

 

針對HER2的IHC檢測,臨床檢測有明確的評分標準,科佰生物推出的IHC Reference Standard,主要為陰性對照和陽性對照,用于監控IHC整個實驗的過程。

 

 

HER2的Fish檢測也是基于切片,是對細胞中拷貝數的一個檢測,科佰生物選擇ddPCR的方法,按照NIST的標準,選擇內參基因DCK,EIF5B和RPS27A對不同的標準品,進行定標,對應的標準品為:

 

 

 

BRCA1/2相關的標準品HER-2分子標記物

 

BRCA1/2編碼的BRCA是HR(homologous recombination,HR)途徑的關鍵蛋白之一,臨床檢測到BRCA1/2的Germline mutation,可以選擇用PARP抑制劑治療,尤其是HER2陰性的患者。BRCA蛋白的功能缺失會導致HR途徑無法正常運行,腫瘤細胞會啟用非同源末端修復系統,導致基因修復錯誤,不斷積累后導致細胞死亡。

 

 科佰生物推出4款BRCA1/2相關的標準品:

 

 

以CBP9003為例,對應的位點為:

 

  

 

HRR和HRD分子標志物

 

另外近的臨床研究表明,PARP抑制劑同樣也適用另外2類標記物的診斷,一類是HRD的檢測患者,一類是HR通路的其他基因突變,都已經在臨床實驗中被使用,相信未來會逐步會寫入NCNN指南。

 

科佰生物也陸續會上新HR-Related Gene(CBP90021)HRD(CBP90022)類的標準品。

 

多基因檢測

 

后一類是用于考慮向輔助內分泌治療中添加輔助全身化療的多基因檢測,通過復發風險計分,幫助做出治療指證,其中的優先級是Oncotype Dx的21基因檢測,國內也有很多公司開展了這樣的檢測。

 

 

乳腺癌21基因檢測(Oncotype DX)是采用RT-PCR方法,檢測21個與乳腺癌細胞增殖、侵襲、Her-2、激素等相關的基因的表達量,通過算法進行復發評分(RS),根據評分值指導ER/PR+、HER2-和淋巴結陰性早期乳腺癌患者術后的預后判斷和治療決策。

 

 對應的計算方式為:RS=+ 0.47 x Her-2 Group Score - 0.34 x ER Group Score + 1.04 x Proliferation Group Score + 0.10 x Invasion Group Score + 0.05 x CD68 – 0.08 x GSTM1 -0.07 x BAG1

 

 科佰生物應用Oncotype DX的方法,制備出幾個低風險(RS<26)、中風險(RS26-30)、高風險(RS>30)的標準品,即將上線,歡迎大家來詢。

 

 綜上,按照NCCN的指南,按照臨床的藥物,按照伴隨診斷的需求,科佰生物開發了針對乳腺癌的多種診斷參考品,滿足不同客戶的需求。

 

 標準品選擇好了,接下來就是做性能評價,讓我們先學習下指導原則,對于性能評價的規定。

 

 詳見從《指導原則》中分析參考品盤設計

 

 

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